延長三年(925年)藤原忠平の創建と伝えられる法性寺(天台宗)の塔頭 勝円寺(橋詰堂ともいわれた)といわれ、宝永三年(1706年)、聖誉円阿上人(浄土宗)によって中興され、清凉山寶樹寺となり現在に至ります。
寶樹寺(ほうじゅじ)には、「子どもそだて常盤薬師」と彫られた石碑が建っています。
寺の秘仏である薬師如来像と子どもにまつわる物語の由来は、源平が覇権を争っていた平安時代末期にまでさかのぼることができます。
平治の乱(1159年)で源義朝を破った平清盛は、源氏の報復を恐れて、義朝の子を捜し出して殺すよう家来に命じました。義朝に愛されていた女性常盤は、牛若ら3人の子を連れて大和(奈良県)に逃れていました。常盤の母は京で平氏に捕らえられ、常盤や三人の子の所在を問い詰められていたのですが、そのことを知った常盤は「自首して母を助けるべきか、逃げのびてわが子を救うべきか」と悩んだ末に自首を決意し、子を連れて大和から京に戻りました。
雪が降り続く翌年2月、常盤たちは現在の本町通にかかる「一ノ橋」にさしかかります。雪を避けるため、母子4人が道沿いに立つ松の陰に身をひそめました。しばらく休んで歩き出そうとすると、守り本尊にしていた薬師如来像が突然、石のように硬くなり、眩い光を放ってこうお告げになりました。「私をこの地にとどめなさい。三人の子どものことは心配しなくていい」平氏のもとに進み出た常盤と子の命は救われ、後に牛若が成人して義経となり、平家を滅亡へと追い込んだのも、薬師如来の加護だと寺の縁起は記します。
「雪よけの松」は応仁の乱で焼けたとされますが、明治末期、京阪電鉄の建設工事に伴い境内を掘削した時、地中から松の根が見つかり、寶樹寺の寺宝の1つとなっています。(庭には「常盤御前雪除松跡」の石碑が立っております)